在审查案件的实践中，办案人员除了对单一证据的证据能力和证明力进行审查判断，还需要将全部证据材料结合起来，进行综合的审查判断，方能准确认定案件事实，进而做出司法决定。一般而言，对于证据证明力以及全案证据的综合审查判断，办案人员的内心确信占据重要地位，这与理性、经验、认知水平甚至良知等存在密切联系，因此是主观性很强的活动。国外的证据法一般不对此作出规定，而交由法官进行自由心证。但证明力审查的主观性并不意味着办案人员对于证据证明力的审查以及事实认定就没有规律性可言。事实上，我国的刑事证据法规定了大量涉及审查判断证据证明力以及证据综合审查运用的规则，就在一定程度上试图将办案人员对于证据的审判断予以客观化，并适当限制和规范司法的裁量，防止恋意擅断。因此，有可能在把摇法律规定和总结司法实践经验的基础上，针对实践中某一类案件的特点，对于证据证明力的审查判断和证据定的模式进行一定程度的归纳。
在办案实践中，全部证据来源、形式合法，犯罪嫌疑人自愿主动认罪，被害人陈述完整、有关被害人伤情、鉴定以及物证等客观性证据充分，证据之间互相印证并形成完整链条的性侵害案件并非少数，但这显然不是关注的焦点和探讨的重点。有相当一部分性侵害案件中证据组合并不完整，案件能否形成完整证据链条，能否达到性侵害案件的定罪证明标准显得不是很明确。这一部分案件的证据审查认定才是实践中性侵害案件办理的难点问题，因此，也应当成为关注和研究的重点。
为突出程序性审查的重要性，笔者首先简单论述证据合法性审查方面的实例(此处不求全面，只为说明实践中的问题)。其次，则根据一些具体个案来闹述公诉人对证据的综合审查分析。最后，作为探讨证明标准问题的重要组成部分，我们还将对司法实践中性侵害案件“存疑”的问题结合案件实例进行一定程度的总结和探讨。
证据合法性审查的若干实例
2012 年修改后的刑事诉讼法从法律层面确立了我国的非法证据排除规则明确区分了瑕疵证据与非法证据的不同处理方式，对于规范侦查机关的取证行为，保护犯罪嫌疑人、被告人权利，维护程序公正具有十分重要的意义。从北京市海淀区人民检察院的办案实践来看，公安机关在性侵害案件办理过程中收集、固定证据方面的问题主要是瑕疵证据补正方面的问题，涉及非法证据排除的主要是犯罪嫌疑人、被告人提出口供系刑讯逼供后如何加以应对的问题
1，言词证据
实践中言词证据可能涉及非法证据的主要是犯罪嫌疑人口供。实践中被告人常在庭审阶段提出受到刑讯逼供。如赵某强奸一案，被告人在庭审中提出其有罪供述系刑讯逼供所作，辩护人也提出其在人所检查显示其身体有伤。法院审理过程中，公诉人出示了刑侦支队于赵某被抓获当日的工作说明，证实其双手腕皮肤破损、胸腹部皮肤擦伤、左上臂划伤分别系抓捕时戴手铐以及撼倒在地所致，赵某也已签字确认。另外，公诉人查找赵某所在看守所筒号的主管医师核实，证实其并没有因身体外伤求医的经历。公诉人遂认为被告人并未提供存在刑讯逼供的证据或线索，被告人及辩护人的意见未被法院采纳。
实践中，公诉人应当合理区分“威胁、引诱、欺骗”等非法手段取证与必要的侦查手段、侦查谋略之间的界限。这一问题可以从策略性讯问手段、侦查人员宣传国家政策、对被告人进行法律教育的行为、宽严相济的刑事司法政策，被告人对法律的误解是否系主观断等角度来加以判断。当然，如被告人确实提供了刑讯逼供的证据或线索，则公诉人要积极主动进行有针对性的调查核实，对于非法证据要争取早发现早准备早排除，真正把好审查起诉这个关口。
另外，侦查机关在收集、固定言词证据方面出现瑕疵的主要问题是被告人未签字、捺手印，或者缺少被害人签名，或者缺少侦查人员签名。这属于刑事诉讼法规定的典型瑕疵证据，通过有关办案人员的补正或者作出合理解释的可以采用。
2.物证、书证
实践中物证、书证取证的问题突出表现为，对于物证、书证的复制件，普遍没有与原件核对无误的说明，也不说明取证来源。目前法院办理的案件中只要是物证、书证的复制件，基本上都没有与原件核对无误的说明。同样的问题还有物证照片、录像或者复制品，书证的副本、复制件没有制作人关于制作过程及原物、原件存放于何处的说明。如在余某某强奸一案中，侦查人员对被害人父亲提供的有关书证如被害人照片、涉案本田车照片，不加核实直接作为证据入卷。这导致有关证据的取证主体不合法，不能直接作为庭审证据使用对于物证、书证提取移送的上述问题，应当通过类案监督的方式促使侦查机关进一步规范，不断强化侦查人员的取证合法性意识。
3.鉴定意见
实践中，鉴定对象与送检材料不一致、送检材料被污染等问题在侵犯财产案件特别是多起盗窃中容易出现。但在性侵害案件中，因办案人员、鉴定人员相对更为重视，所以鉴定意见的间题主要体现在送检样本来源不明确。如一起强奸案中，在精斑鉴定过程中，侦查人员曾提取犯嫌疑人、被害人血样;在声纹鉴定过程中，曾提取犯罪嫌疑人、被害人声音样本，但上述两份鉴定意见的样本提取工作均未及时制作提取记录，这就造成鉴定检材来源不明的问题以上问题在审查起诉中公诉人及时发现后，最终通过侦查人员补写办案说明的形式进行了解释说明。
4.视听资料、电子证据
主要问题在于侦查机关通常忽视对视听资料提取、制作方法的说明。在我院办理的很多案件中，侦查机关随案移送关于犯罪现场的监控录像，但是基本上对该监控录像的制作和取得的时间、地点、方式等未作出解释或者说明。例如王某某强奸一案中，王某某的女朋友向侦查机关提供了王某某被抓前录制的录音文件，在该录音文件中，被害人承认与王某某系通奸的事实，但是由于公安机关在接收该证据时，未对证据的来源情况、证据的制作方法进行询间和记录，导致该份关键证据的效力陷入尴尬境地。最终公诉人要求侦查人员对证据的来源进行了补充说明。