一、鉴定意见的种类
按照《全国人大常委会关于司法鉴定管理问题的规定》，鉴定分为法医类鉴定、物证类鉴定和声像资料类鉴定。性侵害案件中，常见的有人体损伤程度鉴定，对精斑、血迹的 DNA 比对鉴定，引产胎儿的生物学父母鉴定、司法精神病鉴定，有时也涉及对提取指纹、足迹、压痕、蹭痕、弹痕、齿痕等进行的痕迹整定，以及有关文书鉴定等。
二、鉴定意见的审查
刑事诉讼法修改将鉴定结论改为了鉴定意见，这更加准确地说明了鉴定的性质。在以往的办案思维中，受制于知识水平，办案人员往往不自觉地会把专门机关出具的意见作为正式的结论，不注重对于鉴定过程以及意见的审查，刑诉法的修改有助于纠正这一认识。实践中，对鉴定意见等技术性证据，公诉人要认识到鉴定设备是否先进、鉴定方法是否科学、送检材料是否充分以及是否被污染、鉴定人的业务水平高低、鉴定过程是否认真、鉴定过程是否受到外界的干扰等因素都会影响鉴定结论的正确性。正如法国著名律师勒内·弗洛里奥所说，“绝大多数鉴定人是凭着技能和良心完成任务的，在很多情况下，他们的工作会使真相大白，但是他们也会出错······法官和陪审员一样，总是信赖地采纳鉴定人结论，认为那纯粹是技术问题，而不去注意检查鉴定人的工作。然而鉴定错了，裁判就会发生错误，这是肯定无疑的”。在办案过程中，对于鉴定意见等技术性证据必须进行认真全面的审查P。
其中，鉴定检材对于鉴定意见的形成和意见的准确性具有十分重要的意义。办案实践中，公诉人应当十分重视鉴定检材的来源、取得、保管、送检应当符合法律以及有关规定。对鉴定意见的审查应当与对于相关笔录类证据、物证、书证等实物类证据的“鉴真”结合起来。如张某某涉嫌强奸案中，公安机关仅将一份精斑鉴定结论人卷，但对于检材如何提取、如何送检等重要信息均无证据证明，大大影响了该份鉴定意见的效力D。实践中，鉴定检材受到污染的情况也时有发生。如近来媒体报道安徽六安鉴定机构因实验污染，鉴定结果显示一名教师的 DNA 出现在受害人下体血样中，导致其被错误羁押。这值得引起办案人员的警醒。有的地方检察机关有相应的专业技术力量进行复核以及文证审查，因此办案过程中，必要时公诉人可以按照有关规定对鉴定意见等技术性证据进行复核。
除了对鉴定意见本身的审查外，在办案实践中，公诉人还应注意审查案件中是否有物证等事项未提取、未鉴定的情况，遗漏对有关物证的鉴定可能导致案件存在疑问。例如，郭某某强奸一案中，侦查人员仅提取了被害人裙子上的精斑痕迹，但并未及时提取其阴道擦拭棉签并进行鉴定，导致无法判断犯罪嫌疑人是否对被害人实施了奸入行为。还有的案件，现场勘验、检查笔录中提取到沾有可疑斑迹的卫生纸等物证、痕迹，但侦查机关遗漏了鉴定，这会给案件留下疑点。
与鉴定相关的一个著名案例是 1991年发生在美国的威廉·肯尼迪案这个案件中，警方虽然提取了被害人内裤、衣服和体内残存精液，且鉴定与犯罪嫌疑人吻合，检察官指控被告人犯强奸罪。辩护律师认可双方性关系的发生，但却对是否强迫提出质疑。著名美籍华裔刑事鉴定专家李昌钰加盟辩方提出如果按照控方说法，女方先被威廉扑倒在水泥地，再压倒在草地上，她的衣裙和内裤应当相当猛烈地摩擦现场水泥地面和草地，并留下明显的微量物质转换痕迹(即所谓“微量物质转换定律”)。但李昌将女方的衣服、内裤及胸罩的高倍放大照片展示给陪审团，称经过彻底查证都没有发现任何破损的纤维及草地的痕迹，认为“这表明他们并没有在草地上待过，也没有在水泥地上挣过”。李昌钰的这一点质疑导致检察官的证据体系坍塌，陪审团最终认定威廉的强奸罪不成立。从办案的思路和刑事科学技术的运用来看，我国的司法实践与之显然有很大不同。但从控方的角度，这个案件至少启示我们，鉴定往往只能说明案件某一方面的事实。例如被害妇女阴道棉球检测出犯罪嫌疑人精斑，这只能证明两人发生了性关系，但是要认定强奸罪的成立，需要在证实行为的发生过程方面下功夫。因此，公诉人需要在调取其他方面证据审查案件事实方面开展更加细致的工作。