如前所述，讨论的17 件性侵害上会案件中，有 14 件被提请检委会作存疑不起诉处理，有 3 件被法院审委会讨论拟判无罪。究其原因，除了性侵害案件本身所特有的言词证据一对一或不稳定、被害人延迟报案等因素外，主要还是在于侦查阶段证据的调取和收集上存在疏漏、瑕疵难以弥补所致。一般而言，侦查机关的办案经验与质量对案件的证据情况具有决定性的作用。虽然在审查起诉阶段检察机关有两次退回补充侦查的权限，并且可以自行调取证据，但因性侵害案件中，大部分重要的客观证据均需在案发后第一时间提取，如被害人、被告人身体伤情，被害人阴道拭子、身体唾液、脱落细胞等，若未在第一时间内提取，等到审查起诉阶段再退回补充侦查是无法再补证的。再如案发现场勘验、检查情况，若在案发后几天再前往勘验，第一现场很可能已被破坏，无法呈现案发当时真实情况。这些问题主要体现在以下几个方面:
一、对当事人取证不完整、不细致
1.对被害人的取证存在的问题
强奸案件中，部分被害人在报警后短时间内愿意配合民警调查，但之后因为种种原因很难再联系到被害人取证。公安机关在部分强奸案件侦查初期贻误侦查时机、调取证据不全，导致后期补证工作很难开展。
如王某某强奸案，在侦查初期的讯问阶段，犯罪嫌疑人王某某提到被害人是自愿与其发生性关系后又向自已索要钱款，被害人遭到王某某拒绝后又打电话给他人称王某某不给钱，以及当事双方存在短信交流的情况。王某某提及的上述情节真伪，对查明案情具有重要作用，而派出所民警在已经掌握上述问题的情况下，却没有在询问被害人的过程中，针对王某某口供认真核实被害人电话内容、短信内容、索要钱款等诸多细节。正是由于上述对被害人取证工作的疏漏，加之案发后被害人去向不明，导致补证工作无法开展。
又如郑某强奸案，本案在侦查初期，犯罪嫌疑人、被害人、证人三方对案发时被害人穿着的衣物描述均不相同，但侦查人员并未对被害人所穿衣物进行提取、拍照。针对这一问题，我院承办人多方查找被害人并将案件退回补充侦查，但后期由于无法联系被害人取证，案件细节无法核实。2.未能及时、详尽调取证人证言
强奸案件中，部分关键证人因工作不稳定或其他原因离京，导致侦查后期无法再向其核实案情，这就需要侦查人员在侦查初期能够准确把握案情、详尽取证。但侦查人员在部分案件中未能及时完成上述工作，如崔某强奸案中，本案被害人王某某男友姚某、相邻房客杨某、酒店前台值班服务员某均是重要证人，但派出所办案民警对以上三人调取证言的内容比较简单，没有针对犯罪嫌疑人辩解、被害人陈述中的细节问题进行核实，导致证言证明效力降低。在审查起诉阶段我院承办人再次查找上述人员取证时，已无法联系到上述人员。
二、疏忽对当事人的身体检查
根据《公安机关办理刑事案件程序规定》第212条第1款和第2款规定为了确定被害人、犯罪嫌疑人的某些特征、伤害情况或者生理状态，可以对人身进行检查，提取指纹信息，采集血液、尿液等生物样本。犯罪嫌疑人如果拒绝检查、提取、采集的，侦查人员认为必要的时候，经办案部门负责人批准可以强制检查、提取、采集。检查的情况应当制作笔录，由参加检查的侦查人员、检查人员、被检查人员和见证人签名。被检查人员拒绝签名的，侦查人员应当在笔录中注明。
强奸案件中，当事双方往往存在肢体上的激烈对抗，犯罪嫌疑人、被害人的身体伤情可以直接反映犯罪嫌疑人的暴力奸淫情节。但一些强奸案件中，都没有对犯罪嫌疑人、被害人进行身体检查。
如王某某强奸案中，被害人称曾反抗犯罪嫌疑人王某某性侵犯长达 40分钟，期间用手掐、抓王某某的身体，并称王某某的脖子、肩部应该有抓伤。王某某则称二人是经合意发生性关系，被害人没有反抗、自己身上没有抓伤。对于当事双方在伤情问题上的明显分歧，侦查人员并未对王某某进行身体检查也没有对王某某身体相关部位进行拍照，导致审查起诉时无法对王某某的辩解进行核实。
又如余某某强奸案中，被害人之父马某某报案时提供了被害人马某在案发后一个月的身体伤情照片，但侦查人员只是将该照片人卷而没有做任何身体检查、补充拍照、伤情鉴定，也没有向法医核实该伤情是否有可能在被害人身上保留伤痕长达一个月。在案件审查起诉阶段，承办人就此问题向法医进行了咨询，法医称掐痕造成的淤青是有可能保留一个月的，但当时马某身上已无伤痕，上述问题也无从核实
三、疏忽对易灭失证据的及时调取
在强奸案件中，诸如监控录像、通讯记录等都是能够印证案件事实的重要证据，这些证据大多易于灭失 (如监控录像只保留三个月，案件进行到审查起诉阶段多半已超过此期限而无法调取)，而侦查人员在办理部分强奸案件中疏于调取上述证据，导致很多重要证据灭失而无法调取。
1.监控录像
如崔某强奸案中，派出所办案民警仅调取了犯罪嫌疑人崔某来去酒店的监控录像，但没有分别调取被害人王某某、王某某母亲、王某某现男友姚某三人从人住到离开的所有录像。而后者对于判断是否存在被害人设圈套诬陷犯罪嫌疑人崔某、审查整个案件具有非常重要的作用。由于侦查阶段未能及时完整地调取上述监控录像 (审查起诉阶段监控录像已经灭失)，导致全案证据链条存在明显缺失，故我院办案人员只能根据言词证据推测相关案情。同时，法院最终未能对该案作出有罪判决的一个重要原因，也是怀疑存在王某某被第三人伤害或伤情系造作伤的可能，而这一可能本也可以通过完整的监控录像进行有效排除。
2.通讯记录
强奸案件中，当事人手机通讯记录(包括通话和短信) 对分析案情有重要帮助，应当予以及时调取，但侦查阶段存在不及时调取的情况。如王某某强奸案中，王某某称案发后被害人曾多次给自已打电话、在客房门口打电话给他人并提及案情、和自己有短信交流。但派出所民警却没有及时调取当事双方手机通话记录，没有对王某某手机短信进行拍照，导致这一关键证据无法调取。
3.阴道分泌物
在郭某某强奸案中，被害人万某某于某日凌晨4 时许被强奸后，曾回到家中洗澡，但并未特意清洗阴道，14 时万某某报警，称被强奸，但不能肯定是否体内射精，犯罪嫌疑人则完全否认犯罪。对此事实，侦查人员在侦查活动中，仅提取了被害人裙子上的精斑痕迹，但并未及时提取万某某阴道棉签，导致无法判断犯罪嫌疑人是否对被害人实施了奸人的行为。
四、取证程序不规范导致证据可采性降低
在余某某强奸案的取证过程中，办案民警出现诸多不规范之处:如侦查人员对被害人父亲马某某提供的材料(如马某某自行拍摄的被害人照片、涉案本田车照片、犯罪嫌疑人与被害人之间的 QQ 聊天记录人不核实直接作为证据入卷，导致这些本能印证犯罪事实的材料无法作为庭审证据使用。
又如在本案的精斑鉴定过程中，侦查人员曾提取余某某、被害人血样;在声纹鉴定过程中，公安机关曾提取余某某、被害人声音样本。但上述两份鉴定意见的样本提取工作，均未及时制作提取记录或工作说明。以上问题虽然最终通过侦查人员补写办案说明的形式予以解释，但这些后补的办案说明也成为庭审中被辩护律师大肆攻评之处。
再如本案侦查过程中没有对案发本田轿车进行现场勘验，致使证明当事人双方发生性关系的核心证据一-本田轿车车座上提取的余某某精斑没有合法的提取证明，无法证明检材来源的合法性。经我院承办人后期向侦查人员了解，侦查人员之所以没有现场勘验、检查笔录是因为被害人报案时距案发已过一个多月，无法做出现场勘验、检查笔录，也没有技术可以从车后座上提取精斑对此，我院承办人认为即使无法做出勘验、检查笔录，也可以调取公安部鉴定人员证言或其内部勘查记录来弥补。而侦查人员仅将一份鉴定意见入卷，检材如何提取、从车后座上何处提取等重要信息均无证据证明，导致该份鉴定意见的证明力大大下降，只能通过后期工作补证。