性侵害上会案件中的主要问题集中在证据方面，且因前述的案件特点导致很多问题无法弥补，给案件的认定带来极大障碍 (10 件存疑不起诉，3 件法院拟判无罪)。主要证据问题可归为以下三类:
一、言词证据系孤证或存在矛盾
1.有罪证据仅有犯罪嫌疑人供述
如孙某某强奸案中，证明犯罪事实存在的证据仅有孙某某的供述，包括被害人陈述、证人证言在内的其他证据均系传来证据，据此承办人认为基于不能自证其罪的法学原理，提请作存疑不起诉处理;又如刘某某强奸案中，犯罪嫌疑人在一脚跨人被害人窗户后将被害人惊醒，后被抓获，其供述始终称自已进入屋内想实施强奸，承办人认为本案若起诉犯罪嫌疑人，则认罪口供系孤证如其当庭翻供则再无证据可以证明刘某某入户是为了实施性侵害，最终考虑到情节轻微等情形按照强奸中止作了相对不起诉处理。
2.有罪证据仅有被害人陈述，但与其他证据存在矛盾
如王某某强奸案中，被害人称遭犯罪嫌疑人强奸，但其描述与其他证人证言及提取到的物证相矛盾:又如张某强奸案中，被害人陈述称犯罪嫌疑人张某对其已着手实施强奸，但案发后对犯罪嫌疑人张某龟头拭子及被害人宋某某的
阴道拭子进行 DNA 检测对比后，结果与被害人陈述相矛盾。
3.直接有罪证据仅有被害人陈述，其他可佐证的证据均为传来证据。
如焦某某强奸案中，仅有被害人陈述，其他有罪证据均为证人证言，且都是被害人转述的传来证据。
二、客观证据存在瑕疵无法补证
1.音频复制件因公安机关不予鉴定而无法作为合法证据使用按照北京市公安局负责声纹鉴定部门的要求，鉴定条件是提供音频原件并且需当事人将原对话内容用同一支录音笔录一遍，再将新录内容与原音频内容进行比对后方可得出结论。但部分案件中，因当事人无法提供音频原件而导致无法鉴定。如王某某案中，因犯罪嫌疑人提供的录音系复制件，无法根据复制件进行鉴定，导致能够证明案件事实的重要证据无法作为合法证据使用。2.重要痕迹证据未在案发后第一时间内提取，导致证据效力减弱或者失
如麻某某、侯某某二人强奸案中，被害人称可能在喝酒时服下镇静类药物，但侦查机关在案发三日后才对其尿样进行鉴定，结果未检出镇静类药物存在。且由于在案发后未能第一时间提取尿样进行检验，该尿样与该案的关联性也大大降低。
3.案发后对当事人身体检查不及时，导致伤情无法确定
在性侵害案件中，侦查人员对犯罪嫌疑人、被害人身体进行及时检查和证据提取非常重要。因被害人反抗造成的伤情大部分不重，由于人体自身的恢复机能，在案发后几天内伤情便可能完全恢复而不可再现，因此案发后及时进行身体检查，对固定证据，避免各种有利于证明犯罪事实的痕迹消失有重要意义。如崔某强奸案中，被害人报案后的妇科检查检验出其阴部化脓、感染，但法医在进行伤情鉴定时，既没有对该伤情进行检查并计入伤情鉴定，也没有对该伤情进行拍照固定，致使该份证据的证明力大大下降。
三、当事人间的特殊关系导致无法定案
性侵害案件中，在犯罪嫌疑人辩称双方系自愿发生性关系的情况下，若当事人之间存在诸如同事、情人、同学等特殊关系的时候，往往会给案件认定带来一定困难。如王某某强奸案中，有相关证据证明二人案发前系通奸关系，且无其他客观证据证明被害人与犯罪嫌疑人发生性关系时系非自愿;又如秦某强奸案中，现有证据难以认定犯罪嫌疑人案发时实施了相对激烈的暴力手段，虽有证据证明案发前两人曾发生争吵，但鉴于案发时二人系男女朋友关系，因此将争吵过程中过激言语一概评价为犯罪嫌疑人秦某实施言语威胁有失妥当;又如崔某强奸案，犯罪嫌疑人为被害人前男友，且案发前被害人主动与犯罪嫌疑人取得联系，并告知其所住地点，以上细节也使得承办人对于案发时两人的实际关系及被害人是否自愿等问题产生了怀疑。