两罪的主要区别在于犯罪对象不同。虚开增值税专用发票罪的犯罪对象,是增值税专用发票、用于骗取出口退税、抵扣税款发票;骗取出口退税罪的犯罪对象是国家税收,具体指骗取的出口退回的增值税税款。
由于申请出口退税,必须向税务机关提供增值税专用发票,因此一旦用于骗取出口退税的增值税专用发票是虚开的，司法实践中有些办案人员会认为属于骗取出口退税罪和虚开增值税专用发票罪的竞合,应择一重罪处理。但是,由于两罪的量刑档次、情节规定并不一致,不同的情形下,审判实务中会出现时而认定虚开增值税专用发票罪是重罪,时而认定骗取出口退税罪是重罪的情况。比如，虚开税额在50万元至250万元因退税率低于征税率对应的骗取税额一定小于虚开税额按虚开增值税专用发票罪定罪量刑是第3 档在10年以上而按骗取出口退税罪定罪,量刑是第2档在5年至10年这种情况下有的办案人员就会认为虚开增值税专用发票罪是重罪,选择虚开增值税专用发票罪判决。然而,如果是作为从犯的被告量刑档次一般是在第1档第2档这两档的量刑下限骗取出口退税罪均高于开增值税专用发票罪,这种情况下有的办案人员又就会认为骗取出口退税罪是重罪选择骗取出口退税罪判决。两罪孰是重罪不同的角度理解不一致。
《刑法》第204 条对骗取出口退税罪状的描述是“以假报出口或者其他欺骗手段,骗取国家出口退税款”。最高人民法院《关于审理骗取出口退税刑事案件具体应用法律若干问题的解释》(2002 年9 月 23 日 法释(2002]30 号)第1定“刑法第二百零四条规定的假报出口’是指以虚构已税货物出口事实为目的,具有下列情形之一的行为:(一)伪造或者签订虚假的买卖合同:(二)以伪造、变造或者其他非法手段取得出口货物报关单、出口收汇核销单、出口货物专用缴款书等有关出口退税单据、凭证;(三)虚开、伪造、非法购买增值税专用发票或者其他可以用于出口退税的发票;(四)其他虚构已税货物出口事实的行为。"依据该解释虚开增值税专用发票、用于骗取出口退税、抵扣税款发票是假报出口的其中一种情形,是其中之一的手段方法。据此,我们认为行为人在出口骗税犯罪中采用了“虚开增值税专用发票、用于骗取出口退税、抵扣税款发票”的假报出口的手段方法,应以法定的骗取出口退税罪一罪处罚,不存在骗取出口退税罪和虚开增值税专用发票罪的竞合,择一重罪处理无法律依据。