如前所述，实践中强奸与强制猥亵、侮辱妇女两个罪名的适用很容易发生争议，一是强奸与强制猥亵的主观故意难以区分;二是强奸行为与猥亵行为交织的情况下导致行为的定性存在疑问。
从理论上看，两者的行为对象均可以是妇女，行为人也都是采用暴力、胁迫或其他方法，行为也都有发泄性欲的意图，两者的区别主要在于行为人主观目的方面。强制猥亵妇女没有与妇女强行性交的意图，而只是通过猥亵行为发泄性欲。实践中，对于主观故意的认定往往要结合其客观行为来认定，如果行为人体现不出通过暴力、胁迫等手段强行奸淫妇女的意图，则难以认定为强奸。
案例一:被告人刘某系从事租房中介的人员，2012 年7月4日16 时许被告人将前来租房的被害人刘某 (女，21 岁) 带到本市某小区 1楼1单元21层卧室内看房，后趁被害人在床边收拾东西时，将被害人按倒在床上进行强行搂抱、强吻，被害人大贼时刘某就自己起来了，被害人说想走，并拿手机打电话，刘某摔了她的电话并让她滚。后被害人拿着自己的东西在房门口打电话报警。该案中被害人还称当时刘某用手把其上衣掀了起来，想解其腰带，被害人用手挡着他手。被害人当日报案，诊断及身体检查表明被害人双臂红肿。被告人刘某未供述上述事实，只称自已不想租房了女孩却骂其。公诉机关指控强奸罪，但法院判决构成强制猥亵罪。
综合分析在案证据可见，刘某的强行按压、搂抱行为只是其强制猥亵妇女的手段，虽然从被害人所述来看刘某还想解其腰带，即实施奸淫，但由于一方面刘某未供述任何犯罪事实，另一方面，刘某在被害人叫喊后并未实施暴力行为强行奸淫被害人，且在被害人叫喊之后，刘某并没有进一步的暴力或胁迫等手段。因此，我们认为，法院将本案认定为强制猥亵妇女罪是较为妥当的。案例二:2013 年2月1日16 时许，犯嫌疑人张某在某饭店包房厕所内，与被害人刘某某 (女，24 岁，系其下属，当日多名同事聚餐) 聊工作上的事情。被害人称张某用力把其推到墙上，摸其胸部、强吻其嘴，还咬了其胸部，还将其裤子脱了摸其生殖器，期间多次将自己裤子和内裤脱到膝盖处，生殖器多次碰到其下体，有三四次想与其发生性关系，但是没有伸进去，后自己威胁他不停手就撞墙，张某才放弃。被害人称自已挣扎时将马桶盖打翻了。被害人的多名同事证实听到屋内有很大动静，后发现被害人在里面衣冠不整，头发凌乱，眼神很委屈，嘴角有瘀血，然后就开始哭;还证实屋内马桶翻了。后被害人刘某某经诊断口腔黏膜，胸前背部均有外伤、软组织擦裂伤(经法医鉴定为轻微伤)。但被告人供述称自已主动亲吻被害人以及摸其胸部，被害人未表现出反抗。
本案中，证据明显不符合被告人所述双方自愿等情况，犯罪嫌疑人供述不属实。被害人的伤情有诊断证明书、法医学人体损伤程度鉴定书以及多名证人证言所证实，且结合证人证言，及开门时证人看到被害人的衣着、神情和洗手间内马桶受损的状态等事实，足以证明被告人在洗手间内对被害人采取了暴力强制行为，被害人也进行了反抗。从现有证据证实暴力的激烈程度来看，也反映出被告人的行为不限于一般性的猥亵妇女行为。不仅如此，被害人的陈述真实性得到了证人证言以及客观性证据的印证，可以证明被告人的强行奸淫意图。且正是因为被害人的反抗，被告人强奸未能得逞。故被告人张某的行为被认定为强奸罪《未遂)，获得法院判决支持。
案例三:郭某某涉嫌强奸案。被害人虽称被强奸，但其陈述被犯罪嫌疑人强奸的情节与物证鉴定意见存在明显矛盾，且犯罪嫌疑人因作案时处于醉酒状态无法供述犯罪事实。本案仅有物证鉴定意见证实犯罪嫌疑人右手手指上有其与被害人 DNA 的混合残留的情况，与被害人陈述的犯嫌疑人用手对其进行猥亵的陈述相吻合，其他言词证据均属于间接证据，不能证明强奸行为的存在。
结合本案证据，经综合分析，公诉人认为侦查机关以强奸指控犯罪并不准确，在案证据仅能证明犯罪嫌疑人对被害人实施强制狠亵的行为，最后对郭某某以强制猥亵妇女罪起诉，获得法院判决认可。这个案件与前面两个案件不同，是在证据不足以认定强奸意图以及客观行为的基础上，按照现有证据的情况认定强制猥亵妇女罪的成立。总的来看，公诉人应从证据出发，通过现有证据所能证实的犯罪嫌疑人客观行为，结合犯罪嫌疑人供述以及案发场景环境，来判断其主观故意是强奸还是强制猥亵，并根据主客观相统一的原则，最终判定其行为性质。
不仅如此，实践中犯罪嫌疑人先实施了狠亵行为又实施了强奸行为，或者先实施了强奸行为又实施了猥亵行为，交织起来很难认定。这涉及罪数的判断问题。我国刑法理论采用主客观相统一的犯罪构成标准，行为人的犯罪事实具备一个犯罪构成的为一罪，构成数个犯罪事实的为数罪，并不因犯罪对象的同一性而影响犯罪构成的独立性。因此，(1) 对于着手强奸前以及实行强奸过程中附随的强制狠亵行为，应当与强奸所包容、吸收，可按照强奸罪从重处罚，一般不另外成立强制狠亵妇女罪;(2) 对于强奸行为完成后另起犯意猥亵被害人的，就不能被先前的强奸行为所包容，两者不存在吸收或牵连关系应认定数罪。对于行为的认定也不必考虑其强奸行为是否完成，不能认为行为人先行未发泄完性欲，又实施猥亵就定一罪D。如李某某一案，被告人始终承认欲与被害人发生性关系，且被害人陈述也证实被告人有与其发生性关系的言语表示，但因被害人称自已来月经，被告人即停止实施强奸行为，此时强奸罪的中止已经构成;但证据显示被告人接着又对被害人实施猥亵行为。尽管两个行为时间间隔相对紧密，但不能认定之后的猥亵行为被强奸行为所包容，而应当单独评价。当然也有一种意见认为，在时间间隔非常紧密的情况下，简单地通过被告人口供中体现的主观想法就认定两个罪有失公允，应当按照强制猥亵(既遂)一罪予以认定，前一强奸(中止)行为被后面的强制猥亵行为所吸收。对于以上分歧意见，北京市人民检察院下发的指导意见《刑事检察办案中疑难案件与问题解答 (一)》中认为，如果强制狠亵行为是强奸行为的准备或者延续，之后又实施了强奸行为，可按照强奸罪从重处罚。如果强制猥亵行为与强奸行为存在时间、空间上的间隔的，应分别认定为强奸罪与强制狠亵妇女罪，数罪并罚。根据这一意见认定数罪有一个前提条件是强制猥亵行为与强奸行为存在时间、空间上的间隔，但这一间隔如何界定并没有明确说法，还需要根据实际案例进行判断。